Os cartórios de registro de imóveis somente procedem ao registro da transmissão mediante a comprovação do recolhimento do ITBI. De acordo com as legislações tributária e constitucional, a alíquota do ITBI incide sobre o valor da transação do bem ou sobre o valor venal do imóvel, prevalecendo o maior entre eles. Porém, no município de São Paulo instituiu-se uma nova base de cálculo para cobrança do referido imposto, consistente no valor venal de referência, sem que fossem fixados critérios objetivo para a apuração exata do seu valor. Ou seja, o Poder Executivo Municipal de São Paulo criou um mecanismo que lhe permitiu adotar, de forma arbitrária, o valor venal de referência de cada imóvel, de modo totalmente genérico, para fins de cálculo do ITBI, o que leva à cobrança de valores superiores àqueles efetivamente devidos pelos contribuintes. O trecho da lei municipal que instituiu essa forma de cobrança já foi declarado inconstitucional e o Tribunal de Justiça de São Paulo já colocou fim á discussão, determinando que a base de cálculo do ITBI deve ser o valor do negócio jurídico realizado ou o valor venal do imóvel para fins de IPTU, aquele que for maior, afastando o valor venal de referência. Entretanto, em total desobediência às determinações judiciais, a Prefeitura de São Paulo segue realizando cobranças de ITBI sobre os valores venais de referência, o que autoriza o cidadão ajuizar ação de repetição de indébito para reaver a diferença paga a maior, nos últimos 5 anos.